PCR Real Time e sequenziamento del DNA per caratterizzare pollini e spore

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Il cerchio della vita
Il cerchio della vita - Emilia-Romagna - Biodiversità - foto di Raffaele Fava

L’ARPA Valle d’Aosta ha partecipato al progetto finanziato dall’ Università di Trieste  (Finanziamento per la Ricerca di Ateneo, FRA 2016, assegnato alla Dr.ssa Lucia Muggia) afferente al Dipartimento di Scienze della Vita “Development of NGS meta-barcoding for the characterization of aerobiological samples”.

Lo scopo del progetto è stato quello di aumentare la sensibilità del biomonitoraggio aerobiologico e la conoscenza della biodiversità fungina nell’aria tramite l’utilizzo di metodiche molecolari quali la PCR Real Time ed il sequenziamento del DNA.

Il numero dei taxa identificati con il DNA metabarcoding è 10 volte più grande di quello identificato con l’analisi microscopica (238 vs. 22 generi). La standardizzazione della metodica applicata potrà diventare un utile strumento per il monitoraggio delle spore fungine patogene e della loro distribuzione, in tempi brevi e in maniera altamente precisa e riproducibile.

Abbiamo collaborato al progetto nell’ambito di un ARPA Working Group, costituito dalla nostra Agenzia, da ARPA Friuli Venezia GiuliaARPA MarcheARPA Umbria e ARPA Veneto.
Il nostro ruolo è stato il campionamento dei nastri di biomonitoraggio, la fornitura dei conteggi di concentrazione dei principali pollini e spore fungine aerodisperse e la messa a disposizione del gruppo di lavoro di materiale genetico, già estratto e amplificato nel nostro laboratorio (Alternaria e Cladosporium), oltre ad alcuni ceppi degli stessi generi fungini, prelevati presso la nostra sede, che sono serviti per i controlli positivi della banca dati predisposta a Trieste.

Questo progetto si è concluso con la pubblicazione di un interessante articolo dal titolo “Environmental DNA assessment of airborne plant and fungal seasonal diversity“, consultabile online.

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