Progetto DNA barcode per l'identificazione dei pollini

648

La tecnica del DNA barcoding è una metodologia molecolare che permette di identificare in maniera veloce gli organismi e caratterizzarli in base ad una specifica regione del loro DNA. Queste regioni, chiamate barcode, devono essere, a livello nucleotidico, sufficientemente diverse tra i taxa per garantire un’attribuzione univoca; inoltre la variabilità interspecifica di un buon barcode deve essere maggiore di quella intraspecifica. In base al gruppo di organismi di interesse, possono essere analizzate regioni del DNA nucleare, mitocondriale o plastidiale.

Negli ultimi 15 anni il DNA barcoding è diventato una tecnologia di routine per l’identificazione di campioni biologici. Di recente, si è iniziato ad applicare questa tecnica non solo a singoli campioni biologici, ma, grazie all’utilizzo di tecniche di sequenziamento di nuova generazione (NGS), anche a matrici ambientali che contengono DNA proveniente da molti organismi diversi. Questa tecnica, il DNA meta-barcoding, permette quindi l’identificazione di tutti i taxa presenti in un campione, potenziando enormemente la possibilità di conoscere ed interpretare dal punto di vista tassonomico, funzionale ed ecologico le comunità microbiche.
Il DNA meta-barcoding è già stato impiegato in palinologia, soprattutto nelle analisi di qualità del cibo e contaminazione da pollini, provenienza di allergeni ed in ambito forense. Questa tecnica permette di ottenere l’identificazione di pollini e spore fungine aerodisperse con un alto livello di sensibilità e qualità, complementando il tradizionale metodo di monitoraggio su base morfologica.
Il progetto DNA barcode, finanziato dall’Università di Trieste e fortemente supportato dalla stretta collaborazione con cinque Arpa (Friuli Venezia Giulia, Marche, Umbria, Valle d’Aosta e Veneto), si propone di sviluppare l’approccio di DNA meta-barcoding per integrare il monitoraggio di pollini e spore fungine in Italia.
Lo scopo principale del progetto è quello di sviluppare una metodologia affidabile e rapida per il rilevamento e l’identificazione di pollini e spore fungine, molte delle quali possono provocare seri danni. Tra questi, patologie e allergie, perdita di raccolti dovuta a infezioni fungine, diminuzione della biodiversità dovuta al diffondersi di specie aliene e patogeni. Visto che allergeni, patogeni e specie aliene si diffondono velocemente e costi elevati vengono sostenuti per contrastarne gli effetti, è indubbia l’utilità di metodologie di indagine sempre più sensibili e accurate allo scopo di rilevare precocemente la loro presenza.
Il progetto prevede diverse fasi di lavoro quali lo sviluppo e la messa a punto di estrazione, amplificazione e sequenziamento di DNA di pollini e spore fungine da campioni aerobiologici; il campionamento durante un’intera stagione vegetativa (marzo – novembre 2017) in cinque località italiane; la standardizzazione di estrazione, amplificazione e sequenziamento di DNA; lo sviluppo e la standardizzazione di una pipeline bioinformatica di analisi di dati molecolari; la preparazione di un database di sequenze di pollini e spore da poter utilizzare come riferimento nei monitoraggi a scala locale e nazionale.
Vai alla presentazione Progetto DNA barcode: “development of NGS meta-barcoding for the characterization of aerobiological samples” a cura di Lucia Muggia dell’Università degli Studi di Trieste

LASCIA UN COMMENTO

Please enter your comment!
Please enter your name here

Questo sito usa Akismet per ridurre lo spam. Scopri come i tuoi dati vengono elaborati.